Каталог /usr є головним каталогом для зберігання програм. Усі бінарні файли в цьому каталозі не потрібні для завантаження чи обслуговування системи, тому ієрархія /usr може, а найчастіше так і є, знаходитись на окремої файловій системі. Внаслідок його (зазвичай) великого розміру, /usr має свою власну ієрархію підкаталогів. Ми розглянемо лише кілька з них:
/usr/X11R6: повна ієрархія X Window System . Усе бінарні файли і бібліотеки, необхідні для роботи X (включаючи X-сервери) мусять перебувати тут. Каталог /usr/X11R6/lib/X11 містить всі аспекти конфігурації X, які є спільними для різних комп'ютерів. Індивідуальні конфігурації для кожного комп'ютера повинні поміщатися в /etc/X11;
/usr/bin: містить значну більшість системних бінарних файлів. Будь-яка бінарна програма, що не є необхідною для обслуговування системи, і не призначена для системного адміністрування, повинна знаходитись в цьому каталозі. Єдиним винятком є програми, які ви самостійно компілюєте і встановлюєте; вони мають поміщатися в /usr/local;
/usr/lib: містить всі бібліотеки, необхідні для запуску програм з /usr/bin і /usr/sbin. Є також символічне посилання /usr/lib/X11, що вказує на /usr/X11R6/lib - каталог, який містить бібліотеки X Window System (але тільки, якщо встановлено X); [3]
/usr/local: це місце, куди ви повинні встановлювати будь-які прикладні програми, що ви компілюєте з вихідних кодів. Програма установки повинна буде створити необхідну ієрархію.
/usr/share: містить всі апаратно-незалежні дані в режимі тільки для читання, що необхідні для програм з /usr. Серед усього іншого ви знайдете в ньому інформацію з годинними поясами і регіональними стандартами (локалями) (zoneinfo і locale).
Також слід згадати каталоги /usr/share/doc і /usr/share/man, які відповідно містять документацію до програм і системні сторінки керівництва.
[3] Будь ласка, зверніть увагу на те, що в якості системи X Window за умовчанням в Mandriva Linux замість X Window System тепер використовується Xorg.