/bin: найважливіші бінарні файли. Він містить базові команди, які можуть використовуватися всіма користувачами, і які необхідні для роботи системи: ls, cp, login та ін. Статичний, неподілюваний.

/boot: містить файли, необхідні для початкового завантажника GNU/Linux (GRUB чи LILO для Intel, yaboot для PPC тощо). У ньому може знаходитись (а може і не знаходитись) ядро, але якщо ядра немає в цьому каталозі, тоді воно має бути в кореневому каталозі. Статичний, неподілюваний.

/dev: файли системних пристроїв (dev від англ. DEVices). Деякі файли, що знаходяться у /dev, є обов'язковими, наприклад, /dev/null, /dev/zero і /dev/tty. Статичний, неподілюваний.

/etc: містить всі конфігураційні файли комп'ютера. В цьому каталозі не можуть бути бінарні файли. Статичний, неподілюваний.

/home: містить всі особисті каталоги користувачів системи. Цей каталог може бути поділюваним (у деяких великих мережах до нього відкривається загальний доступ через NFS). Конфігураційні файли ваших улюблених прикладних програм (на зразок поштових клієнтів та браузерів) розташовуються в цьому каталозі і починаються з крапки (“.”). Наприклад, конфігураційні файли Mozilla знаходяться у каталозі .mozilla. Змінний, поділюваний.

/lib: містить бібліотеки, життєво необхідні для системи; в ньому також зберігаються модулі ядра в підкаталозі /lib/modules/ВЕРСІЯ_ЯДРА. Він містить всі бібліотеки, необхідні для роботи бінарних файлів з каталогів /bin і /sbin. Також в цьому каталозі повинні бути: необов'язковий компонувальник на етапі виконання чи завантажник ld*, а також бібліотека C, що динамічно підключається, libc.so. Статичний, неподілюваний.

/mnt: містить точки монтування для файлових систем, що тимчасово монтуються, таких як /mnt/cdrom, /mnt/floppy тощо. Каталог /mnt також використовується для монтування тимчасових каталогів (карту USB, наприклад, буде примонтировано в /mnt/removable). Змінний, неподілюваний.

/opt: містить пакети не занадто важливі для роботи системи. Він зарезервований для додаткових пакетів; пакети типу Adobe Acrobat Reader часто встановлюються в /opt. FHS рекомендує, щоб статичні файли (бінарники, бібліотеки, сторінки керівництв тощо), встановлювані до каталогу /opt, містилися б у його підкаталогах /opt/ім'я_пакету, а їх конфігураційні файли - в /etc/opt.

/root: домашній каталог root'а. Змінний, неподілюваний.

/sbin: містить важливі системні бінарні файли, необхідні для запуску системи. Більшість з цих файлів може запускатися лише root'ом. Звичайний користувач також може запустити їх, але результат їхньої роботи може залишитися нульовим. Статичний, неподілюваний.

/tmp: каталог, призначений для зберігання тимчасових файлів, які можуть створюватися окремими програмами. Змінний, неподілюваний.

/usr: докладніше описаний в Параграф 3, “/usr: просто Великий каталог”. Статичний, поділюваний.

/var: місце розміщення даних, які можуть змінюватися програмами в режимі реального часу (наприклад, поштові сервери, програми спостереження, сервери друку й ін.). Змінний. Окремі його підкаталоги можуть бути поділюваними чи неподілюваними.